Este trabajo analiza las actividades de eco-innovación en Andalucía en el marco de las Smart Specialization Strategies, las cuales constituyen un criterio de asignación de los fondos estructurales de la UE. A partir del eco-índice-país publicado por el Observatorio de Eco-Innovación de la UE, se modeliza la relación existente entre eco-innovación y competitividad. Además, se propone una metodología que mediante técnicas estadísticas multivariantes, y condicionada por la disponibilidad y calidad de los datos regionales, permite identificarla posición de Andalucía en el contexto de la eco-innovación europea, aportando argumentos a su favor como potencial perceptora de fondos europeos.